Existem vários aplicativos que iniciam junto com o Fedora, e é isso que vamos fazer com o nosso lindo Compiz, fazer ele iniciar junto com o sistema sem nem mesmo relarmos no terminal, claro. Vamos lá:
Vá até Sistema > Preferências > Pessoal e a abra o Aplicativos de Sessão; Clique em adicionar e deixe dessa forma:
Nome: Compiz Fusion Icon
Comando: fusion-icon
Comentário: “Compiz Fusion” (Ou o que você quiser, claro)

Dessa forma todas as vezes que o sistema iniciar, os efeitos do compiz serão iniciados também. Qualquer coisa é só dizer nos comentários. Abraços e até!